Tal como acontece noutros jogos de Pokémon, também no Super Mystery Dungeon temos a possibilidade de conseguir todos os Pokémon e é claro que os Pokémon Lendários não ficam de fora. Estes são os mais procurados devido ao seu poder, e é possível consegui-los a todos em Super Mystery Dungeon. Poderás consegui-los de várias formas, desde combates a missões e eles vão aparecendo pelo mundo.
Abaixo está a listagem com todos os Lendários, bem como a sua localização.
| Dex | Img | Nome/Tipo | Localização |
| #144 |  |
Articuno  |
Blue Point, no último andar – Ter Platinum Rank |
| #145 |  |
Zapdos |
Yellow Point, no último andar – Derrotar Moltres |
| #146 |  |
Moltres |
Red Point, no último andar – Derrotar Articuno |
| #150 |  |
Mewtwo |
Solitary Island – Ter Gold Rank |
| #151 |  |
Mew |
Automaticamente após o Epílogo |
| #243 |  |
Raikou |
Connection Orb Mission – Conectar com Entei |
| #244 |  |
Entei |
Connection Orb Mission – Ter Platinum Rank |
| #245 |  |
Suicune |
Connection Orb Mission – Conectar com Raikou |
| #249 |  |
Lugia |
Sea Shrine, último andar – Conectar com Zapdos |
| #250 |  |
Ho-Oh |
Rainbow Bridge, último andar – Conectar com Lugia |
| #251 |  |
Celebi |
Oferecido ao ter Master Rank |
| #251 |  |
Celebi Shiny |
Connection Orb Mission – Conectar com Mesprit |
| #377 |  |
Regirock |
Conectar com Regigigas |
| #378 |  |
Regice |
Conectar com Regigigas |
| #379 |  |
Registeel |
Conectar com Regigigas |
| #380 |  |
Latias |
Connection Orb Mission – Ter Master Rank |
| #381 |  |
Latios |
Conectar com Latias |
| #382 |  |
Kyogre |
Mission, último andar – Ter Master Rank |
| #383 |  |
Groudon |
Mission, último andar – Ter Master Rank |
| #384 |  |
Rayquaza |
Dragon Guard, último andar – Ter Ace Rank |
| #385 |  |
Jirachi |
Completar Epílogo e Conectar com a Society |
| #386 |  |
Deoxys |
Completar a Dungeon, Meteorite Site e Conectar com Mewtwo |
| #480 |  |
Uxie |
Connection Orb Mission – Conectar com Mesprit |
| #481 |  |
Mesprit |
Connection Orb Mission – Ter Silver Rank |
| #482 |  |
Azelf |
Connection Orb Mission – Conectar com Uxie |
| #483 |  |
Dialga |
Conectar com Rayquaza |
| #484 |  |
Palkia |
Conectar com Rayquaza |
| #485 |  |
Heatran |
Pokémon Viajante |
| #486 |  |
Regigigas |
Triple Point Temple, último andar – Ter Silver Rank |
| #487 |  |
Giratina |
Zero Isle, último andar – Ter Diamond Rank |
| #489 |  |
Cresselia |
Connection Orb Mission – Conectar com Rayquaza |
| #490 |  |
Phione |
Conectar com Manaphy |
| #491 |  |
Manaphy |
Connection Orb Mission – Ter Platinum Rank |
| #492 |  |
Darkrai |
Rocky Mountain Trials, último andar – Ter Ace Rank |
| #492 |  |
Shaymin |
Connection em Baram Town |
| #493 |  |
Arceus |
Connection Orb Mission – Ter todos os outros 719 Pokémon |
| #494 |  |
Victini |
Connection em Café |
| #638 |  |
Cobalion |
Oath Hill, último andar – Ter Bronze Rank |
| #639 |  |
Terrakion |
Conectar com Cobalion |
| #640 |  |
Virizion |
Connection Orb Mission |
| #641 |  |
Tornadus |
Stormy Seas, 1oº andar |
| #642 |  |
Thundurus |
Stormy Seas, 3º andar |
| #643 |  |
Reshiram |
Sky Ruins – Ter Ultra Rank |
| #644 |  |
Zekrom |
Sky Ruins – Ter Ultra Rank |
| #645 |  |
Landorus |
Stormy Seas, 5º andar |
| #646 |  |
Kyurem |
Mission, último andar – Ter Diamond Rank |
| #647 |  |
Keldeo |
Conectar com Virizion |
| #648 |  |
Meloetta |
Conectar com Ludicolo |
| #649 |  |
Genesect |
Mysterious Geoglyphs, último andar – Ter Gold Rank |
| #716 |  |
Xerneas |
Tree of Life – Conectar com Latios |
| #717 |  |
Yveltal |
Connection Orb Mission – Ter Grand Master Rank |
| #718 |  |
Zygarde |
Connection Orb Mission – Ter Grand Master Rank |
| #719 |  |
Diancie |
Connection Orb Mission – Conectar com Regigigas |
| #720 |  |
Hoopa |
Sahra Town – Ter Djinn’s Bottle |